Su principal edificio es la iglesia de Santa María, de estilo románico lombardo, cuya estructura se dispone en planta basilical dividida en tres naves con ábside central decorado con arcos. En su interior se encuentra la imagen de la Virgen de Obarra. En la zona superior se ubica el palacio abacial y al sur la ermita de San Pablo.
El Monasterio fue declarado Bien de Interés Cultural en 1931. Se dice que la arquitectura del edificio permite la observación astronómica y ofrece un calendario cristiano perpetuo por la entrada de la luz de la luna por la ventana central del ábside, en el segundo plenilunio de otoño.